Pour effectuer les manipulations qui suivent, ils vous faut un accès administrateur au wiki à modifier. Dans les explications qui vont suivre, je prendrais comme exemple un site nommé siteperso.truc pour lequel le wiki sera dans un sous dossier /wiki. A vous d'adapter en conséquence les liens par rapport à votre wiki. Tout se passe à l'adresse : http://siteperso.truc/wiki/index.php5?title=MediaWiki:Sidebar. Sur cette page, vous pouvez voir toutes les entrées actuelles du menu. Pour en ajouter/modifier ou en supprimer il suffit de choisir l'onglet modifier, vous vous retrouvez désormais dans une banale page de wiki. Pour supprimer une entrée du menu, supprimez simplement la ligne correspondante complète. Pour modifier une entrée, il faut se pencher un peu sur la syntaxe des entrées. Prenons comme exemple le lien vers l'aide : 
** helppage|help
Les deux * signifient que notre entrées sera dans une boite existante, alors que si on ne met qu'un seul *, une nouvelle catégorie serait créée. Vient ensuite l'adresse du lien, ici un lien interne au wiki, puis le caractère | signifie que à sa suite se trouvera le nom du lien, dans notre cas help (aide en anglais).
Mettons que l'on veuille créer un lien dans la catégorie principale permetant de revenir à la page d'accueil du site. En premier dans notre fenêtre d'édition on mettra : 
** http://siteperso.truc/|Accueil du site
Validez vos modifications, et vous verrez apparaitre un nouveau lien dans votre menu principal.